1、專利復(fù)審中的客體問題。一方面，專利申請被駁回后僅能選擇復(fù)審這一種救濟措施，而不能直接向法院起訴或者請求行政復(fù)議。另一方面，專利申請駁回決定之外的其他具體行政行為不能選擇復(fù)審，只能選擇向法院起訴或者請求行政復(fù)議。
2、專利復(fù)審程序中的延期問題。專利復(fù)審請求經(jīng)過合議審查后，專利復(fù)審委會發(fā)出兩類通知書，主要包括：一是較常見的復(fù)審?fù)ㄖ獣禽^少見的復(fù)審請求口頭審理通知書，并指定答復(fù)期限1個月。
3、專利復(fù)審程序中的權(quán)利恢復(fù)問題。專利復(fù)審程序中涉及權(quán)利需要恢復(fù)的情形主要包括兩種：一是因正當理由延誤了提起復(fù)審的期限，導(dǎo)致復(fù)審請求權(quán)的喪失;二是因正當理由延誤了答復(fù)復(fù)審?fù)ㄖ獣闹付ㄆ谙?，?dǎo)致專利申請權(quán)的喪失。這兩種情形在具體辦理權(quán)利恢復(fù)時存在差別。

國務(wù)院專利行政部門對發(fā)明專利申請進行實質(zhì)審查后，認為不符合本法規(guī)定的，應(yīng)當通知申請人，要求其在指定的期限內(nèi)陳述意見，或者對其申請進行修改。答復(fù)審查意見通知書的意見陳述書，應(yīng)當避免僅引用專利法及其實施細則的相關(guān)法律規(guī)定、而缺少針對性的答復(fù)意見。

申請人在答復(fù)審查意見通知書時，首先要核實其中引用的對比文件，在此過程中找出存疑點，在質(zhì)疑對比文件的事實認定、公知常識認定、對比文件的結(jié)合啟示時，要從技術(shù)領(lǐng)域、技術(shù)方案、技術(shù)問題以及技術(shù)效果等角度結(jié)合實際案情在意見陳述書中進行有理有據(jù)地陳述。

專利局決定受理的異議案，應(yīng)將異議書副本送交申請人，申請人應(yīng)在收到異議書副本之日起3個月內(nèi)就異議作出答復(fù)。無正當理由逾期不作答復(fù)的，專利申請視為撤回。專利局在異議審查階段，要依法對異議是否成立進行審查。如認為異議成立，即可作出駁回申請的決定。如果認為異議不成立，或者在異議審查期間無人提出異議的，則作出授予專利權(quán)的決定。

申請人對駁回決定不服的，可以在收到通知之日起3個月內(nèi)，向?qū)＠麖?fù)審委員會提出復(fù)審申請。異議人對授權(quán)決定不服的，不能立即請求復(fù)審，只能在專利權(quán)取得以后，向?qū)＠麖?fù)審委員會請求宣告該項專利權(quán)無效。

根據(jù)《專利法》第四十五條的規(guī)定，自國務(wù)院專利行政部門公告授予專利權(quán)之日起，任何單位或者個人認為該專利權(quán)的授予不符合本法有關(guān)規(guī)定的，可以請求專利復(fù)審委員會宣告該專利權(quán)無效。